Grundsätzlich zu unterscheiden ist die Finanzierung der Betriebskosten und der Investitionskosten. Die Finanzierung der Betriebskosten erfolgt über die Vergütung der Leistungen zur Versorgung der Versicherten. Die Vergütung trägt der jeweils zuständige Versicherer. Für die Versicherten der Unfallversicherung trägt die Unfallversicherung die Kosten der Behandlung.
Für die BG Kliniken gilt ein spezielles Vergütungssystem, welches die Besonderheiten der Behandlung "mit allen geeigneten Mitteln" und der unfallversicherungsspezifischen Versorgungsschwerpunkte Rechnung trägt.
Die Investitionsfinanzierung der BG Kliniken wird durch die Unfallversicherungsträger getragen, da die BG Kliniken per Gesetz aus der öffentlichen Investitionsfinanzierung der Bundesländer ausgenommen sind.